Differenze tra PCR e Southern blot?

Differenze tra PCR e Southern blot?

Quali sono le differenze tra queste due tecniche?

La domanda è stata formulata così agli esami.

2 risposte

Classificazione
  • 7 anni fa
    Risposta preferita

    1) Il Southern blot è una tecnica di ibridazione che si basa sull'utilizzo di una sonda marcata costituita da un frammento di DNA complementare al frammento di DNA che si ricerca. Pertanto è necessario conoscere l'esatta sequenza nucleotidica per costruire la sonda marcata.

    La PCR è una tecnica di amplificazione degli acidi nucleici. Non è necessario conoscere l'intera sequenza nucleotidica da amplificare ma basta conoscere gli "estremi opposti" del frammento da amplificare.

    2) Se si vuole verificare la presenza di uno specifico frammento nel genoma di un organismo si utilizza il Southern blot, se invece si vuole amplificare un dato frammento del genoma si utilizza la PCR.

    3) E' possibile amplificare il frammento anche partendo dal Southern blot ma, poichè si utilizzano gli enzimi di restrizione, i frammenti ottenuti non possono essere "stabiliti". La PCR, invece, consente di amplificare SOLTANTO la sequenza di interesse.

  • francy
    Lv 6
    7 anni fa

    Ciao! Non so se faccio bene a risponderti qui.

    Comunque, la PCR è qualitativa nel senso che mi permette semplicemente di individuare la sequenza. Ti faccio un esempio di diagnostica molecolare, tanto per capirci meglio. Voglio sapere se un individuo presenta o meno una certa mutazione causativa di patologia. in questo caso posso utilizzare un primer (il forward o il reverse) complementare alla regione specifica dove potrebbe esserci la mutazione, ma complementare alla sequenza wild type di questa (e quindi alla sequenza non mutata). Dopo la PCR faccio un' elettroforesi. a questo punto, se si è avuta l' amplificazione (detto in maniera semplice, se osservo una banda netta), allora il soggetto non presenta la mutazione, perché il primer si è potuto appaiare correttamente. Se invece dopo l' elettroforesi non osservo nulla vuol dire che il frammento non si è amplificato, e questo perché la mutazione presente non ha permesso il corretto appaiamento del primer. quindi in questo caso il soggetto presenta la mutazione. questa è un'indagine qualitativa. è quantitativa se voglio sapere la quantità di DNA che ho. in realtà per il southern la quantità in genere non mi interessa, tranne in casi particolari. è però un parametro molto importante nel western (separazione di una miscela di proteine e ibridazione con anticorpi specifici), nel quale posso verificare non solo la presenza di una certa proteina, ma anche l'entità della sua produzione (è molto espressa o poco espressa? e questo si fa con l'analisi densitometrica delle bande ottenute). La PCR real time è una nuova PCR che, in tempo reale permette di amplificare il frammento di interesse e nello stesso tempo di quantizzare il prodotto di partenza (cioè il quantitativo di DNA che sono riuscito ad estrarre dalle mie cellule).

    Spero di essere stata chiara :-)

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